人間ドックは会社負担にできる？経費の条件や社員・企業のメリットを解説

「うちの会社、人間ドックの費用は出してくれないのかな？」と、ふと思ったことはありませんか？

従業員の健康を考える会社にとって、人間ドックの費用負担は魅力的な福利厚生の一つですよね。

しかし、会社が費用を出すとなると、「それって経費にできるの？」「何か特別な条件があるの？」といった疑問が、人事や経理の担当者の方にはつきものかもしれません。

人間ドックの費用を会社が負担する場合、税金面でいくつか知っておくべき大切なポイントがあるのです。これらのポイントを押さえておけば、会社は税務上のリスクを避けつつ、従業員の健康増進をサポートできます。

この記事では、人間ドックの会社負担を経費にするための条件や、法定健診との違い、そして会社と従業員双方にとってどのようなメリットがあるのかを、分かりやすく解説していきます。

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人間ドックの会社負担の経費化と福利厚生費の4大条件

会社が人間ドックの費用を福利厚生費として経費にするには、いくつかのルールを守る必要があります。

もしルールから外れてしまうと、会社が払ったお金が従業員の給料と見なされて税金がかかったり、会社の経費として認められなかったりすることもあるので、注意が必要でしょう。

条件1：全従業員へ公平な機会提供

人間ドックの費用を福利厚生費として会社の経費にするためには、まず「すべての従業員に平等にチャンスがあること」がとても大切です。

正社員だけでなく、条件を満たせば契約社員やパートタイムの方も対象に含めるのが基本と考えてください。

もちろん、「40歳以上の人」や「勤続3年以上の人」のように、健康管理の必要性や会社への貢献度などを考えた合理的な理由があれば、対象者を区別することは問題ありません。

しかし、役員や特定の人だけを対象にしたり、その人たちだけに手厚い内容の人間ドックを提供したりすると、福利厚生費とは認められず、給料として税金がかかってしまう可能性が高いでしょう。

条件2：会社から医療機関へ直接支払い

人間ドックの費用を福利厚生費として処理するなら、会社が直接、病院やクリニックにお金を支払うのが一番確実です。

この方法なら、社員個人にお金が渡らないので、給料と見なされるリスクを減らせるでしょう。

しかし、社員が希望する病院が会社と契約していなかったり、一時的に社員が立て替えた方がスムーズだったりすることもあります。そういった場合、社員の立て替え払いでも条件をクリアすれば、給料として税金がかからずに福利厚生費として認められることもあります。

国税庁によると、病院への直接払いは絶対条件ではないとのこと。社員の立て替えでも経費にできる主な条件は、「希望する社員全員が受けられること」「会社が費用を負担すること」「金額が常識の範囲内であること」「会社のルールに基づいて行われること」「立て替えたお金を精算するときは、会社名義の領収書をもらうこと」などです。

条件3：費用は社会通念上妥当な金額

会社が人間ドックの費用を出す場合、その金額が世間一般から見て妥当な範囲内におさまることが大切です。

あまりにも高額な人間ドックや、普通の検診とはかけ離れた豪華すぎるオプション検査が含まれていると、それはもう福利厚生の域を超えてしまい、給料として税金がかかるかもしれません。

では、いくらまでならいいのか？と気になるところですが、法律でハッキリと上限額が決まっているわけではありません。目安として、日帰りの人間ドックなら3万円から6万円ほどが相場とされています。

条件4：役員のみ高額人間ドックは給与課税

人間ドックの費用を福利厚生費として処理するとき、特に気をつけたいのが役員の扱いです。

役員だけが対象の人間ドック費用や、他の社員と比べて役員だけが高い人間ドックを受ける場合、その費用は福利厚生費とは認められず、役員への給料（役員賞与）と見なされて所得税がかかる可能性が高いのです。

もしそうなってしまうと、役員個人に所得税がかかるだけではなく、会社側もその費用が役員賞与と判断されると、会社の経費として認められず、法人税が増えてしまうかもしれません。

税務署から給料と指摘されるリスクを避けるためには、役員を含む全社員を対象とした健康診断のルール（就業規則や福利厚生の規程など）をしっかりと作って、そのルールに基づいて公平に運用することが大切です。

人間ドックの会社負担の基本と法定健診との違い

会社が社員の健康管理のために行う主な検査には、法律で義務付けられている「法定健診」と、会社が任意で行う「人間ドック」があります。

これらの違いを理解しておくことが、人間ドックの会社負担を考える上で重要です。

法定健診は会社の義務

会社は、法律（労働安全衛生法）に基づいて、社員に対して健康診断（法定健診）を受けさせる義務があります。

新しく社員を雇ったときに行う「雇入時の健康診断」や、年に1回定期的に行う「定期健康診断」などが含まれます。

この義務の対象になるのは、正社員はもちろん、パートタイムで働く方でも、週の労働時間が正社員の4分の3以上であれば含まれます。

法定健診にかかる費用は、法律で会社に実施が義務付けられている以上、基本的には会社が負担すべきものと考えられています。

人間ドックの実施は任意

人間ドックは法定健診と違って、会社が法律で実施することを義務付けられているものではありません。

社員の「もっと詳しく自分の健康状態を知りたい」という個人の意思で受けるもので、会社が制度として導入するかどうか、費用を負担するかどうかも、すべて会社の自由なのです。

人間ドックの主な目的は、法定健診よりも多くの項目を調べることで、自分では気づきにくいがんや生活習慣病などを早めに見つけて、早く治療を始めることにあります。

そのため、社員が受けた人間ドックの検査項目が、法律で決められた定期健康診断の必須項目を全部カバーしていれば、その人間ドックの結果を定期健康診断の代わりにすることができます。

費用を会社負担にするかは任意

人間ドックの費用は、法定健診と違って会社が負担する法律上の義務はありません。

基本的には、受けたい社員が自分で全額払って受けるものです。

しかし最近は、「健康経営」の考え方が広まってきて、福利厚生の一つとして会社が人間ドックの費用の一部や全部を負担するケースが増えています。

会社が人間ドックの費用を負担する場合、上記で述べた「福利厚生費の4大条件」を全部クリアすれば、その費用を経費（福利厚生費）として計上でき、社員の給料として税金がかかることもなく運用できる可能性があります。

人間ドックを会社負担にする理由と企業や従業員のメリット

法律で義務付けられている法定健診に加えて、任意である人間ドックの費用を会社が負担するのには、社員と会社の両方にとってメリットがあるからです。

従業員の健康増進と早期発見

会社が人間ドックの費用を負担したり、一部補助したりすることで、社員は法定健診よりも詳しい健康チェックを受けやすくなります。

人間ドックは、がんや生活習慣病のような、自分では気づきにくい病気の早期発見・早期治療につながる可能性が高いと言えるでしょう。

費用負担というハードルが下がることで、社員は自分の健康にもっと関心を持つきっかけになります。

企業の生産性向上と医療費軽減

社員の健康状態が良くなると、会社の生産性にも良い影響があります。

病気による休み（アブセンティーズム）が減るだけではなく、出社していても体調が悪くて十分な力が出せない状態（プレゼンティーズム）の改善も期待できるでしょう。

長い目で見れば、医療費の軽減にもつながる可能性があります。

病気の早期発見・早期治療は、重症化を防ぎ、結果として高い医療費がかかるのを抑える効果が期待できます。

さらに、会社が社員の健康を真剣に考えているという姿勢は、社員のやる気や会社への愛着（エンゲージメント）を高める効果も期待できます。

健康経営アピールで企業イメージと採用力アップ

社員の健康づくりに積極的に取り組む姿勢は、「健康経営をしっかり行っています」と社内外にアピールできます。

経済産業省などが選ぶ「健康経営銘柄」や「健康経営優良法人」といった制度は、会社の健康経営への取り組みを社会に「見える化」するもので、人間ドックの会社負担制度は、これらの評価でも有利に働く可能性があるでしょう。

「社員を大切にする会社なんだな」というイメージが広まれば、会社のブランドイメージが上がり、採用面でのアピール力も高まります。

人間ドックの会社負担制度導入から運用までのステップ

会社負担で人間ドック制度を始めるには、しっかりとした計画と準備が大切です。

ここでは、制度を作る最初の段階から、毎日の運用、そしてより良くしていくための具体的なステップを、分かりやすく解説します。

Step1：対象者範囲と受診時期決定

まず最初に決めるのは、「誰が」「いつ」人間ドックを受けられるようにするか、ということです。

対象者については、福利厚生費として経費にするためには、基本的には全社員に公平な機会があることが求められます。

次に受診時期です。年に1回など、受診の頻度と具体的な時期を決めます。

Step2：医療機関選定と契約

誰がいつ受けるかが決まったら、次は人間ドックを実施してくれる病院やクリニックを選んで、契約を結びます。

医療機関を選ぶポイントは、通いやすさ、検査内容、費用、評判、結果報告のスムーズさなどです。

契約する際は、検査項目、費用、支払い方法、個人情報の取り扱いなどを明確に記載しましょう。

Step3：従業員への制度周知と受診勧奨

せっかく人間ドックの会社負担制度を作っても、その内容が社員に伝わらなければ意味がありません。

まず、制度を知らせること。制度の目的、対象者、検査内容、費用負担、予約方法などを分かりやすく伝えましょう。

次に、受診を促すこと。受けることのメリットを具体的に伝え、健康への関心を高めるような情報発信も効果的です。

Step4：検査結果収集・管理

人間ドックを受けたら、その検査結果を集めて管理することが大切です。

検査結果の集め方については、事前に病院との間で方法を決めておきましょう。

結果の管理と個人情報保護は特に注意が必要です。健康診断の結果は「特に配慮が必要な個人情報」なので、厳重な管理体制を作りましょう。

集めた検査結果に基づく対応も重要です。異常があった社員には、医師の意見を聞き、必要な配慮をします。

Step5：受診日の勤怠と賃金支払いルールの明確化

人間ドックの受診日の勤怠をどう扱うか、給料をどう支払うか、というルールを決めておくことが大切です。

勤怠の扱いについては、勤務時間扱いか、特別休暇か、年次有給休暇かなどを決めます。

厚生労働省は、法定健診の受診時間の賃金支払いを推奨しています。給料の支払いもこれに合わせて決め、就業規則などに書くことが不可欠です。

Step6：制度運用の効率化

人事や総務担当の方の仕事の負担を減らして、運用のやり方を効率的にすることも大切です。

仕事のやり方を効率的にするためには、予約システムや健康診断代行サービスの活用、健診結果の電子データ化、医療機関との連携強化などが考えられます。

健康保険組合や自治体の制度を活用することも有効でしょう。そして、定期的な見直しと改善も忘れずに行いましょう。

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人間ドックの会社負担におけるトラブル防止のためのポイント

人間ドックの会社負担制度はメリットが多いですが、ルールが曖昧だとトラブルになることもあります。

人間ドック費用負担の詳細は就業規則等に具体的に明記

トラブルを防ぐ基本は、関連ルールを就業規則や福利厚生の規程などに、具体的に書いておくことです。

制度の目的、対象者、費用負担、利用できる病院、予約方法、受診日の扱い、検査結果の取り扱い、再検査のルールなどを明記しましょう。

ルール内容は全従業員へ説明し理解と協力を得る

就業規則などにルールを書いても、社員に理解されなければ意味がありません。

作ったルールを全社員に対して説明し、その目的や具体的な運用方法について理解と協力を得るようにしましょう。

説明会を開いたり、資料を配ったりして、質問の時間も十分に設けると効果的です。

人間ドックの会社負担で担当者が知りたいよくある質問

人間ドックの会社負担制度について、よくある質問とその答えをまとめました。

会社負担の人間ドック費用、経費計上時の勘定科目は？

会社が負担した人間ドックの費用が、税法上の福利厚生費の4つの条件をすべて満たしていれば、原則として「福利厚生費」として経費にできます。

条件を満たさない場合は、「給与」や「役員賞与」として扱われる可能性が高いでしょう。

また、人間ドックの費用は消費税がかかります。

会社支払いの人間ドック費用、源泉徴収は必要？

会社負担の人間ドック費用が「福利厚生費」として適切に処理される場合は、給料とは見なされず、源泉徴収もいりません。

しかし、福利厚生費の条件を満たさず「給与」や「役員賞与」と判断された場合は、所得税の源泉徴収が必要になります。

パート社員を会社負担対象外にしても大丈夫？

パートタイムで働く社員を対象外にするかは考える必要があります。税金面では「全社員に公平な機会提供」が求められます。

労働法では、正社員との不合理な待遇差は禁止されています（同一労働同一賃金）。

待遇差について会社は説明義務があります。合理的な理由なく一律に対象外とすると問題になる可能性があるので、専門家にも相談しましょう。

退職予定社員の人間ドック費用も会社負担すべき？

多くの場合、特定の基準日に在籍していれば、退職予定でも人間ドックの受診資格があり、会社が費用を負担するのが一般的です。

公平性の観点からも、退職予定だけを理由に他の社員と違う扱いをするのは避けるべきでしょう。

受診日時点で既に退職していれば、会社が費用を負担する義務はありません。

【まとめ】人間ドックの会社負担と制度設計で健康経営を推進

人間ドックの費用を会社が負担する場合、経費にするための4つの条件（公平な機会、直接支払い、妥当な金額、役員のみの高額ドックはNG）を守ることが大切です。

効果的な制度のためには、対象者設定から結果管理、ルールの明確化と周知徹底まで、計画的な設計と運用が必要です。

会社負担の人間ドック制度は、社員と会社の双方にとって大きなメリットをもたらす可能性があります。専門家のアドバイスも活用しながら、自社に合った制度を作り上げていきましょう。

もし健康診断結果の管理でお悩みなら、first callの「健診管理サービス」を導入することで、紙の健診結果をオンライン化してデータ入力の手間を省き、セキュリティが整った環境で産業医による就業判定や健康情報の一元管理が可能になります。